Как-то заработался, да и забыл похвастаться. Мой фикс вошёл в pyglet. Там патч-то на одну строку, точнее на плюс одну константу в строке, однако пофиксило багу с геймпадом в линуксе.

Вот такой маленький diff:

...
185     185         elif control._event_type == EV_ABS and control._event_code == ABS_Y:
186     186             have_y = True
187     187         elif control._event_type == EV_KEY and \
188         -            control._event_code == BTN_JOYSTICK:
188         +            control._event_code in (BTN_JOYSTICK, BTN_GAMEPAD):
189     189             have_button = True
190     190     if not (have_x and have_y and have_button):
191     191         return

Итак - зал славы :).